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2-plex 还是 3-plex:SILAC 定量方案怎么定

分子互作富集试剂盒 · 产品选型 · SILAC 培养基

18 种 SILAC 培养基怎么选:K6R6、K8R10、L3 与 3-plex 的差别在哪

标记效率 >95%,K+R 双标记肽段定量覆盖 >98%

SILAC 的选型错误,通常不是"买贵了",而是"定量精度不够"。轻标选用哪种氨基酸、标几组、标记效率能不能上 95%,直接决定后面能不能从质谱数据里分出真假互作。这套产品把 18 种组合做成成品培养基,选型其实可以按一张表走完。

18 种
培养基组合
3 种
规格 150/250/500mL
>95%
标记效率
>98%
K+R 双标定量覆盖
2/3-plex
两组或三组比较
3-5天
货期

一、先按"比较几组"分:2-plex 还是 3-plex

2-plex 用于两组样本比较(对照 vs 处理);3-plex 可同时跑三组(对照、野生型、突变体),一次实验拿到两条比较轴。3-plex 的价值在于减少批次间差异,尤其做互作网络比较时,三组同批标记比两次二组实验更稳。

组合类型货号段可比较组数典型用途
K6R6 / K6R10 / K8R10SPK/SPD/SIP 01-062 组常规差异蛋白质组、互作组
K6 / K8(单标)07-102 组预算优先、常规实验
L3(单标)11-122 组经济型,Leu 单标
L3K8R10(三标)13-142 组HLA 多肽组,>90% 肽段标记
3-plex(K+R)15-163 组三组定量比较
3-plex Elite(K 单标)17-183 组三组比较、成本更优
SILAC 标记的细胞培养

轻标与重标培养基并行培养,是 SILAC 实验的起点

二、再按"要多少定量覆盖"选标记方案

不同标记方案的肽段定量覆盖率差别很大,这一点在选型时容易被忽略:

标记方案可定量肽段比例蛋白质鉴定覆盖度适用判断
K + R 双标记(K6R6/K6R10/K8R10)>98%>98%追求定量精度,做互作筛选优先
K 单标记(K6/K8)约 50%>96%常规实验、预算敏感
L 单标记(L3)约 65%>98%经济型方案
L3K8R10 三标>90%—HLA 多肽组研究

如果实验目的是"从一堆候选里挑出真互作",不要为了省成本选单标记——可定量肽段只有一半,等于把一半的证据丢在质谱外面。

SILAC 标记效率质谱检测

厂家公开的标记效率检测数据,各方案均标称 >95%

三、规格怎么定:150、250、500mL

同一组合有三种包装,差别不只是容量,还对应不同的下游应用:

系列容量典型下游
SPK150mL差异蛋白质组(DEP)分析
SPD250mLSILAC-PD 分子互作富集
SIP500mLSILAC-IP、蛋白质互作/后修饰富集

每个 Kit 额外配 细胞裂解液 20mL 与 5×loading buffer 1mL,不用再单独凑缓冲液。对初次做 SILAC 的实验室,这一点比容量更重要。

SILAC 培养基试剂盒成品包装

成品培养基 + 透析血清 + 裂解液,一套齐备

四、和进口产品比,差在哪、不差在哪

对照表里,18 种组合中有多种规格在进口品牌目录里没有对应货号,这正是"国产平替"的实际含义:不是同款更便宜,而是把缺失的组合补齐了。同时在标记效率(>95%)与覆盖度(>98%)上,厂家给出了可核验的质谱检测数据。

选型建议
初次做:先用 K6R6(DMEM 或 RPMI 按细胞系定)跑通流程;确认能出数据后,再按需要升级到 K8R10 或 3-plex。不要一上来就买 3-plex,先确认细胞在轻标培养基里长得住。

先把实验目标说清楚,再谈选型

告诉我细胞系、培养体系、要比较几组、下游是 LFQ 还是 SILAC 定量,可以直接给出对应货号与规格。

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SILAC 到质谱的流程示意

标记只是起步,后面还有富集与酶解

质谱检测端

标记效率由质谱数据说话

课题组讨论标记方案

轻标重标怎么配,先把实验设计对齐

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产品参数来自厂家公开技术资料,具体规格与价格以当期报价单为准

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